Обычно достаточно протирать влажной салфеткой и не хранить рядом с источниками тепла. Если тканевый — можно аккуратно стирать.
Я свой чехол чищу раз в пару недель, и он выглядит как новый. Главное — не использовать агрессивные средства. Вот ссылка на вариант, который у меня: чехол для macbook neo.